- キハ54形は主要機器に廃車発生品を流用していたので2003～05年にこれらを更新しています。
台車はボルスタレス台車の N-DT54に液体変速機も N-DW54 に換装しました。
また電気式の自動進段装置となり変速段と直結段の切替が自動化されました。
なお切替ハンドルは残されており手動切替式の在来気動車との併結運転は可能です。
- 急行仕様車（527～529）以外もリクライニングシート（キハ183系からの発生品）に交換しました。
なお花咲線用車両は急行仕様と同じ0系新幹線の廃車発生品である転換クロスシートに再交換しています。
未更新のコイルバネ車はこちらへ→キハ54形 500番台
キハ54形500番台 キハ５４-５０１
撮影：2014年7月 深川
キハ54形500番台 キハ５４-５２１ 「地球探索鉄道号」花咲線
キハ40形と併結しています。撮影：2024年9月 釧路
キハ54形500番台 キハ５４-５０８ 「流氷物語号」
前照灯がLED化されています。撮影：2024年9月 釧路
